本发明公开了液滴微流控辅助的双鼠李糖脂高产菌株筛选方法。分析鼠李糖脂合成的关键基因的转录水平和双鼠李糖脂产量的关系，选择转录水平和双鼠李糖脂产量正相关的关键基因作为荧光筛选标记，以荧光蛋白的信号强度表征该关键基因的转录水平，利用不同鼠李糖脂生产菌株胞内荧光蛋白信号强度的差异进行液滴微流控筛选，挑选出荧光强度高的备选菌株，通过鼠李糖脂发酵产物提取、鉴定和比较，最终从备选菌株中挑选性能优异的高产双鼠李糖脂的菌株。本发明建立的技术筛选精度高、通量大、特异性强、可定向筛选高产双鼠李糖脂的菌株。克服了目前CTAB‑MB平板筛选技术筛选效率低，且无法定向筛选高产双鼠李糖的瓶颈。