本发明涉及一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统。为了缩短了抗病毒新药研发周期、降低了研发成本、提高了研发的成功率，本发明提供了一种新的基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统，包括：用于获取待筛选的生物活性成分的结构文件及信息的第一获取单元，用于根据所述信息将待筛选的生物活性成分的结构文件输入相应的分子对接模块的选择单元，用于获取病毒结构蛋白的结构文件的第二获取单元，用于将所述病毒结构蛋白的结构文件与待筛选的生物活性成分的结构文件匹配到同一分子对接模块的匹配单元，分子对接单元和可视化单元。本发明简化了病毒结构蛋白生物活性成分筛选步骤，提高了筛选的速度和效率，具有非常好的实际应用价值。