本发明公开了一种药物合成实验优化方法、装置和存储介质，通过建立化合物数据库，然后根据初始反应物和最终产物信息从化合物数据库中获取可选的各中间反应步骤信息并生成包含由多步化学反应前后关联组成的药物合成路径，并通过设置不同反应条件参数或催化条件参数进行多组优化，获取最优药品合成路线，最后通过对生成的最优药品合成路线进行实物实验，将实物实验的产量和产率与最优合成路线中的理论产量和理论产率进行对比，根据实际产率与理论产率的偏差来更新化合物数据库中相关反应式的理论产率，从而不断优化系统的准确度，缩短研发人员的药品研发时间并有效节省用于实验的试剂和原料。