本公开提供了一种病理质控指标评价方法及系统，包括获取待评价的病例信息以及医院基本信息；根据获取的待评价的病例信息、医院基本信息以及预设指标得到评价结果；根据评价结果生成审核报告；其中，所述预设指标至少包括病理医师资源配置指标、病理技术人员资源配置指标、标本规范化固定率、染色体切片优良率、病理诊断及时率和细胞学病理诊断质控符合率中的一种或多种；利用超算优势，更快速进行大数据分析与运算，采用“云+边+端”模式：低时延、高交互；相比传统病理质控模式，专家进行病例审核操作更加方便快捷、质控指标计算结果更加精确、参与质控的数据更全面更完整，极大地提高了病理质控工作效率，在病理质控流程中扮演着重要角色。