本发明提供一种基于刀轨文件批处理的多主轴并行加工方法及系统，其方法包括：基于目标机床的刀轨文件，获取标定的工件坐标系与机床坐标系之间的关系矩阵；基于关系矩阵将工件坐标系下的刀尖点坐标换算至机床坐标系下的刀尖点转换坐标；基于刀尖点转换坐标，获取目标机床的主轴腕心坐标值；基于主轴腕心坐标值，获取与主轴腕心坐标值相对应的腕心轨迹文件的站位值，作为刀轨文件的预设站位值；基于预设站位值，确定与各刀轨文件相对应的实际站位值；基于各刀轨文件的实际站位值，在目标机床上对待加工工件进行加工。利用上述发明能够基于站位聚合与负载均衡的思想，对多个主轴单元的加工位置和顺序进行整合，形成波次作业，提高加工效率。