本发明提供一种船舶运输管控系统，包括云平台、多个船载智能终端、采集单元，所述采集单元包括基础数据接收单元、吃水深度检测装置以及疲劳状态获取传感器，所述船载智能终端，用于对采集单元所采集的船舶状态数据以及船舶基础数据进行加密，并将加密后的数据通过远程通信网络传输至所述云平台；所述云平台，包括状态评估单元、解密单元、通信验证单元，所述通信验证单元用于接收来自所述船载智能终端的加密数据，并对所述船载智能终端进行身份验证，所述解密单元用于对所述加密数据进行解密，所述状态评估单元用于根据解密后的船舶状态数据以及船舶基础数据进行状态评估，并所述船载智能终端下发评估结果以及防撞提示。