本发明提供一种多物理场融合探测识别潜航器的方法及系统，包括：获取海洋背景场的图像；获取海洋背景场的功率谱数据；根据图像确定海洋背景场中是否包含水面船舶，若包含水面船舶，则将功率谱数据输入到预先训练好的第一种神经网络分类模型，若不包含水面船舶，则将功率谱数据输入到预先训练好的第二种神经网络分类模型；第一种神经网络分类模型用于对水面船舶、潜航器以及海洋背景进行识别分类，第二种神经网络分类模型用于对潜航器和海洋背景进行识别分类；当第一种神经网络分类模型输出的潜航器的识别概率值大于第一预设概率值，或第二种神经网络分类模型输出的潜航器的识别概率值大于第二预设概率值时，则探测到潜航器。本发明检测识别率高。