本发明提供了一种厂网河一体化智能调度方法及系统，涉及城市污水排水调度技术领域，包括：获取待调度区域的实测水质数据、实测降雨量、预报降水量数据和污水处理厂、管网智能分流井、调蓄池和河道的实测水量水位数据；根据厂网河一体化调度模型，基于所获取的实测数据和预报数据预测待调度区域未来一段时间内的水质水量预估数据；在所预测的水质水量预估数据符合厂网河一体化调度模型中调度模式时，选择与该水质水量预估数据相对应的调度模式对未来一段时间的排水设施的运行进行调度。本发明能够对未来一段时间内的水质水量情况进行预测，并自动选择不同的排水调联方式进行排水设施的运行，以保证城市水安全缓解城市水污染的发生。