本发明公开了一种引物的设计方法及系统，设计方法为：遍历得到候选序列；计算每一个候选引物的基本特征值、SNP特征值以及单引物特异性特征值；打分；选择位置合适的候选引物组合；计算每一对候选引物组合，计算组合间的各特征值和相应得分及综合评分；选择该区域综合得分最高的候选引物组合输出。本发明的引物设计方法，可以设计探针、可以评估引物是否覆盖多态性位点，并避免设计多态性位点位于3末端的引物，或位于两端的探针。克服了专利申请201811591649.X中不能设计探针、不能评估引物是否覆盖多态性位点、不能避免设计覆盖多态性位点的引物、特异性评估不够精确、展示不够直观的缺陷。