本公开提供了临床数据与文献的关联方法，包括获取结构化后的文献数据，提取所述文献数据中同一疾病的疾病治疗实体关系对和对照治疗实体关系对；利用所述疾病治疗实体关系对作为第一索引，从临床病历数据库召回匹配的第一临床病历数据集合；利用所述对照治疗实体关系对作为第二索引，从所述临床病历数据库召回匹配的第二临床病历数据集合；将所述第一病历数据集合和所述第二病历数据集合进行异或运算，获得与文献数据匹配的临床病历数据。本公开还提供一种临床数据与文献的关联装置、电子设备及存储介质，通过本公开，将临床数据与医学文献进行关联，为医学科研、临床决策提供数据支持。