一种自动化鞋底消毒装置，包括密封箱和一对设置于密封箱内的清洁消毒装置，所述清洁消毒装置包括储存瓶和消毒板，所述储存瓶设置于密封箱的内底面，储存瓶的顶部出口设置有挤压泵，所述消毒板的前端设置于密封箱的内顶部，消毒板上表面的中部设置有鞋底形状的消毒槽，所述消毒槽的顶部设置有多个与挤压泵出口相连通的出液槽，消毒槽内可拆卸地嵌设有海绵泡沫体，两个所述储存瓶内分别灌装清洁液和消毒液，所述密封箱的顶面设置有橡胶开口。本实用新型可控制消毒时间，保证鞋底消毒的有效性，设置海绵泡沫体可吸附消毒清洁完毕后的多余液体，避免鞋底湿滑；同时，可实现对鞋底的消毒、清洁，减轻医护人员的工作量，减少对环境的刺激。