本实用新型公开了一种消化内科临床用的内窥镜消毒器，属于消化内科设备技术领域。一种消化内科临床用的内窥镜消毒器，包括矩形箱，所述矩形箱的两侧均固定连接有电机支架，所述电机支架的上表面固定连接有电机，所述电机输出端的外表面固定连接有第一齿轮，所述第一齿轮通过链条与第二齿轮传动连接；本实用新型，消毒时启动电机，电机带动第一齿轮旋转，第一齿轮通过链条带动第二齿轮进行旋转，进而使得U形板和内窥镜进行消毒，不仅能够对内窥镜不同位置进行消毒，而且电机带动内窥镜旋转时刷毛能够对内窥镜上的污渍进行清洗，在清洗和消毒后最后启动暖风机对内窥镜进行烘干，烘干后将内窥镜取出即可，使得对内窥镜的消毒效果更好。