本发明属于消毒装置领域，具体的说是一种消化内科用内窥镜消毒装置，包括装置主体、顶盖、消毒清洗仓、超声波换能器和排液口；所述装置主体的顶端设置有顶盖，所述消毒清洗仓开设在装置主体的内部，所述超声波换能器固定连接在消毒清洗仓的底端，所述排液口连接在消毒清洗仓底端的一侧，所述消毒清洗仓靠近底端的位置处设置有清洁机构；所述清洁机构包括螺杆、传动组件、螺套、活动腔、压缩弹簧、套块、清洁刷和限位组件，所述螺杆的一侧通过轴承与消毒清洗仓的内壁活动连接，所述传动组件设置在螺杆的另一侧，所述螺套螺纹连接在螺杆的外侧，所述活动腔开设在螺套的底端，通过清洁机构实现了对装置底端沉积的污垢进行清洁的功能。