本实用新型公开了一种凝胶成像分析系统，包括主体机构、承载机构，所述主体机构设置于承载机构的底端表面，所述承载机构包括隔板、推杆，所述隔板内部设置有连接杆，所述隔板内部开设有凹槽，所述隔板内部设置有保护壳，所述隔板设置于推杆的下端表面。该凝胶成像分析系统，通过隔板上有保护壳，保护壳在隔板内部连接杆进行滑动，通过保护壳是透明的玻璃，减少在进行实验的时候产生的误差，同时适用于不同高度的凝胶样品，同时，保护壳阻挡凝胶样品上的液体进行流动，保护仪器不受凝胶样品上的液体进行污染，保护该装置，保护壳将实验台上的凝胶样品进行固定，防止凝胶样品上的液体在实验台上进行流动，避免仪器受到污染。