本实用新型公开一种单细胞文库制备系统，包括机座、移送机构以及挤压机构，机座上形成有工作区域；移送机构包括沿水平方向可活动地安装于机座的进出仓，进出仓用于供微流体芯片安装；挤压机构包括设于工作区域的上方且沿上下向可活动设置的多岐板，用于在多岐板向下活动至工作区域时，与工作区域处的微流体芯片组接，以驱动所述微流体芯片的各原材料自各原料槽依次流经各流道后成型并流入成型槽中。在本实用新型的技术方案中，通过移送机构移送微流体，挤压机构驱动微流体芯片的多个原料槽内的各原材料进入所述微流体芯片的流道内成型并流入所述微流体芯片的成型槽中，实现单个单细胞样本成型和单细胞文库制备。