本实用新型属于单细胞文库制备技术领域，公开了一种电磁阀节能控制电路及单细胞文库制备系统。所述电磁阀节能控制电路包括依次连接的主控模块、隔离模块及节能模块；其中，所述节能模块与电磁阀的供电端连接；所述主控模块，用于提供工作信号，以使所述隔离模块工作；所述隔离模块，用于根据所述工作信号，向所述节能模块提供导通信号，实现所述主控模块与所述节能模块间的电气隔离；所述节能模块，用于根据所述导通信号，降低电磁阀的供电端的电压。通过降低单细胞文库制备系统中的电磁阀的工作电压，在进行过热防护的同时达到了节约电能的效果。