本实用新型公开了一种基于无人机的水环境监测系统，其中，所述水环境监测系统包括无人机和控制基站，无人机包括水质检测机构和驱动控制机构；水质检测机构包括电动伸缩管、承接管、样本盒和微型水质检测仪，承接管的一端与电动伸缩管连通，承接管的另一端与样本盒连通；驱动控制机构包括支撑梁、控制盒、过渡板、螺旋桨和红外扫描传感器，支撑梁远离圆形阵列的圆心的一端与过渡板机械连接，过渡板的上部与螺旋桨可旋转连接，过渡板的下部固定红外扫描传感器，控制盒内设有相互电连接的控制芯片和通信天线，控制芯片分别与红外扫描传感器、电动伸缩管和微型水质检测仪电连接。本实用新型提高了水质监测的便利性。