本实用新型提供了一种防交叉感染的舱室通风杀菌系统，包括多个空调系统，空调系统的进风口与新风进风管道连接，空调系统的出风口与主送风管道连接，主送风管道通过多个并联的次送风管道与各个区域连通，各个区域的出风管道通过次回风管道与主回风管道连通，主回风管道的出风口与空调回风口连接，在主回风管道上连接有排气管道；在主送风管道上设有第一一级净化单元，在主回风管道靠近区域的一端设有二级净化单元；在回风管道靠近空调系统的一端设有第一电动风闸，在排气管道靠近主回风管道的一端设有第二电动风闸，第一电动风闸和第二电动风闸均与一可视报警装置联动连接。通过在船舶上设置消杀系统，并进行有效的隔离，减少交叉感染可能性。