本实用新型公开了一种琼脂凝胶打孔设备，包括琼脂打孔器，琼脂打孔器包括安装筒、打孔管、打孔管堵头和储物筒，安装筒为上端开口结构，储物筒为下端开口结构，储物筒的上端设有储物筒连接头，安装筒的上端与储物筒的下端连接，打孔管穿装在安装筒中；安装筒的内腔的底部设有若干个打孔管安装孔，打孔管的上端设有打孔管环形凸台，打孔管穿装在打孔管安装孔中，打孔管安装孔的上端安装有打孔管堵头，打孔管堵头设有打孔堵头外螺纹，打孔管安装孔靠近顶部的内壁设有与打孔堵头外螺纹匹配的内螺纹。本申请为组合式结构，个别打孔管损坏时，可以根据需要更换打孔管；通过琼脂打孔器、软质连接管、抽滤瓶、泵连接管和真空泵的配合，将破碎的琼脂凝胶吸入抽滤瓶。