本实用新型公开了一种辣椒育种用种籽分离装置，包括支撑台，所述支撑台的上端面左右侧均连接有支撑板，所述支撑台的上端面中部设有接废料框，左右侧的支撑板之间设有第一安装框，所述第一安装框的正下方设有第二安装框，所述第一安装框与第二安装框的前后侧壁均连接有滑套，所述滑套上滑动穿设有连接杆，所述连接杆的外表面左右侧均套装有第一弹簧，所述第一安装框的内底部安装有粗过滤网，所述第二安装框的内底部安装有细过滤网，所述支撑台的上端面通过四组支撑杆固定连接有固定板，本分离装置使用方便，便于辣椒籽与辣椒皮分离，便于不饱满的辣椒籽或被破碎刀损伤后的辣椒籽或灰尘与饱满的辣椒籽分离，有利于提高选出辣椒籽的质量。