本实用新型公开了一种辣椒育种用皮籽分离装置，包括承载台和击打柱，所述承载台下端面的左右两侧均固定有支架，所述移动座的上端面通过螺栓固定有承载箱，所述出料通道的下侧设置有收集盒，所述承载箱的左端面固定有固定架，所述固定架的上侧通过第一电动伸缩柱与皮籽分离箱相连接，且皮籽分离箱卡合放置在承载箱的上侧，所述击打柱贯穿环形刮板，且击打柱的下侧设置有滤网。该辣椒育种用皮籽分离装置，向皮籽分离箱内通入辣椒之后，皮籽分离箱和承载箱随着移动座一起左右反复移动，辣椒与击打柱相互撞击，辣椒皮残留在滤网上，辣椒籽则穿过滤网并在导流槽的引导作用下进入到出料通道内，辣椒籽最终集中落到收集盒内，方便完成皮籽分离工作。