本实用新型公开了一种荧光内窥镜系统，包括内窥镜主体、适配器、荧光相机和主机，内窥镜主体、适配器和荧光相机依次连接，荧光相机通过传输线与主机连接，主机上设有能够收纳卷起传输线的卷筒装置，主机上设有与传输线连接的接口，传输线一端与荧光相机连接，另一端经过卷筒装置的卷绕后，与主机的接口连接；通过在主机上设置卷筒装置，当在不使用荧光内窥镜系统时，卷筒装置可以将主机与荧光相机之间的传输线卷起，从而便于管理和存放，避免将传输线随意折起导致的传输线非常的凌乱并占用较大空间，和容易导致传输线损坏断裂的问题。