本发明涉及一种荧光内窥镜系统，包括光源模块、摄像模块、主控模块和显示模块；光源模块配置为发射照明光束；摄像模块包括内窥镜和操作部，内窥镜配置为传播照明光束及其反射光束，操作部配置为采集反射光束，以及将其所采集反射光束转换成视频数据；主控模块包括控制单元和图像处理单元，控制单元配置为驱使光源模块发射第一照明光束或第二照明光束，图像处理单元配置为逐帧处理视频数据；显示模块配置为播放视频数据。本发明能够提供白光模式和荧光模式，其能够通过操作部上的第一按键在白光模式和荧光模式之间进行模式切换，通过荧光成像提供组织表面以下组织的荧光图像，能够可视化并精确识别不易观察到的病变和前期病变，从而提高手术安全性。