本实用新型公开了一种浮游微生物采样装置，包括底板，所述底板顶部的左侧固定连接有分选箱，所述底板顶部的右侧固定连接有放置箱，所述放置箱的顶部固定连接有伺服电机，所述伺服电机的输出端贯穿至放置箱的内腔中，且伺服电机的输出端固定连接有螺杆，所述螺杆的表面螺纹连接有螺套，所述螺套的左侧固定连接有连接杆，所述分选箱内腔的顶部固定连接有隔板，所述隔板顶部的右侧固定连接有抽水泵。本实用新型设置了伺服电机、螺套、螺杆、连接杆、采样管、转动电机、安装座和离心筒，解决了现有的采样装置在使用时并不方便，往往需要手动对水体与浮游生物之间进行分离，且不具备调节采样高度的功能，从而不便于人们使用的问题。