本申请公开了一种近岸水域生态系统，属于水域生态领域，包括水渠，还包括清理装置，清理装置设置在水渠的表面上，清理装置包括安装台，安装台与水渠滑动连接，安装台的表面竖直开设有孔一，安装台表面的孔一的内壁滑动插设有安装杆，安装台的一侧固定连接有电机，电机的驱动端固定连接有齿轮，水渠靠近齿轮的一侧开设有驱动齿，齿轮与水渠一侧的驱动齿啮合，安装台的表面转动连接有连接板，筐体靠近连接板的一侧开设有槽一，连接板与筐体一侧的槽一卡合连接，通过设置清理装置，有效对水渠中的垃圾进行清理，减少了使用者的负担，提高近岸水域的环境质量，便于动植物生长。