本实用新型公开了一种杂质过滤机构及芽孢杆菌洗脱装置，包括洗脱系统，所述洗脱系统上设置有出液管，包括安装台，所述安装台上分别活动设置有用于过滤出液管流出的发酵液的过滤组件以及用于将安装台固定在出液管上的固定组件；所述过滤组件包括转动安装于所述安装台底部的安装盘，所述安装盘上开设有环状凹槽，所述环状凹槽的内部对称设置有过滤网，所述环状凹槽的底部覆盖有硅胶层。该实用新型提供的杂质过滤机构及芽孢杆菌洗脱装置，在需要对发酵液进行过滤时，先用固定组件将安装台固定在出液管上，出液管中流出经过洗脱的发酵液，发酵液流过过滤组件，过滤组件将发酵液中的杂质过滤出去，只留下纯净的抗菌肽发酵滤液。