本申请属于光谱调制器领域，特别涉及一种复式周期亚波长孔洞阵列光谱调制器。包括：半导体基板，所述半导体基板上设置有调制区域，所述调制区域内设置有多个复式晶格单元，所述复式晶格单元至少包括两种不同形状或尺寸的孔洞，所述孔洞的尺寸等于或小于目标光谱的波长，多个所述复式晶格单元中每种形状或尺寸的孔洞均呈周期排列。本申请的复式周期亚波长孔洞阵列光谱调制器，通过在半导体基板设置至少包括两种不同结构的孔洞的复式晶格单元，形成光子的复式晶格势，从而调制出射光谱在不同波段的能量分布，复式晶格比简单晶格的自由度更高，因而能对光谱做出更复杂的调制，增加了光谱调整的可能性。