本实用新型公开了一种冻干机自动进出料系统，包括前推杆、后推杆、移动座、前推杆摆动驱动机构、前推杆保持机构、前推杆解锁驱动机构、后推杆摆动驱动机构、后推杆保持机构和后推杆解锁碰块，移动座设于前推杆的两端并通过前推杆连接组件与前推杆连接，前推杆摆动驱动机构与前推杆连接组件可拆卸连接，前推杆保持机构和后推杆保持机构设于移动座上，前推杆解锁驱动机构与所述前推杆保持机构可拆卸连接，所述后推杆位于所述前推杆靠近冻干机的一侧，所述移动座通过后推杆连接组件与所述后推杆连接，所述后推杆摆动驱动机构与所述后推杆连接组件可拆卸连接，后推杆解锁碰块设于冻干机内。本实用新型具有占用空间少，有利于减少污染风险等优点。