本实用新型属于磁性纳米颗粒材料的纯化与富集技术领域，尤其为一种全自动的磁性微球清洗装置，包括冷却箱，所述冷却箱的顶部固定设置有壳体，所述壳体内固定设置有清洗桶，所述清洗桶与壳体之间固定设置有电磁铁，所述冷却箱的一侧固定设置有进浆管，所述壳体的顶部固定设置有抽料泵，所述抽料泵的一端固定设置有吸管。本实用新型结构设计合理，通过电磁铁，使得磁场强度可以进行调控，在注入磁性纳米颗粒浆料的同时，能够自动去除或调整磁场，使磁性纳米颗粒得到充分清洗与富集，通过驱动电机、主动齿、从动齿、增压泵、旋转管和高压喷头的配合，可旋转全面的对富集的磁性纳米颗粒进行冲洗，使得冲洗效果更好。