本发明属于数据处理技术领域，具体涉及基于表格结构解析的文档比对分析方法及系统。方法包括S1，接收各种类型的来源文件，并统一转换为PDF文件；S2，针对PDF文件中不同类型的内容部分，分别使用不同工具进行抽取、划分和识别，获得带有文本内容、坐标信息、表结构的表数据和非表数据；S3，将表数据和非表数据分别进行比对，最终得到表外文本差异和表格差异。系统包括文件转换模块、文件识别模块、数据比对模块。本发明具有专注于文档内容和语义层面的比对，在文档比对中具有表格间结构和语义比对的能力，且比对效果好，占用资源低，文字识别准确的特点。