本发明公开了一种解决基于结构光的微小物体测量阴影问题的测量方法，首先使用两台标定好的装有远心镜头的投影仪分别将蓝色单色条纹和红色单色条纹同时从左右两个方向投射到被测物体上；接着用彩色相机来捕获带有被测物体信息的叠加红、蓝条纹，并对采集到的图片进行三通道分离，获得红色通道与蓝色通道的信息；然后对分离出来的红、蓝通道信息通过相移法与多频外差法获得它们的三维点云数据，生成一个掩膜筛选需要的信息，最后将获得的红、蓝通道两个点云融合从而解决微小物体测量中的固有阴影问题。本发明利用红蓝两个通道同时测量的方法能够解决三维微小物体测量时难以规避的阴影问题，在高精度、高动态三维微小物体测量领域具有巨大的价值。