本发明涉及一种聚醚醚酮复合材料及其制备方法与应用。该聚醚醚酮复合材料的制备方法包括：将聚醚醚酮细丝制备成三维结构排布体；然后对三维结构体排布体预热；再与生物活性材料混合，生物活性材料选自羟基磷灰石、β‑磷酸三钙及生物活性玻璃中的至少一种；然后将负载生物活性材料的三维结构排布体热压。通过将聚醚醚酮制备成三维结构排布体，预热后与生物活性材料混合，然后通过热压控制聚醚醚酮的结晶度及三维结构之间的粘合力，从而对复合材料的力学性能进行调控，同时改善生物活性材料与聚醚醚酮之间的相容性，制备得到的聚醚醚酮复合材料兼具较好的力学性能和生物活性，尤其适用于制备医用植入材料。