本发明提供了一种生物医药用微生物细胞破壁机，涉及生物医药技术领域，包括箱体、破碎箱、冷却箱以及设置在箱体与冷却箱之间用于对破碎箱降温的冷却组件，箱体正面固定安装有控制面板，箱体顶部固定安装有设备箱，箱体内部固定安装有破碎箱，箱体一侧固定安装有冷却箱，破碎箱底部的内壁上固定安装有圆盘形状的固定板，冷却组件包括水泵、抽水管、冷凝管和回流管，冷却箱内部固定安装有水泵。该种破壁机通过旋转杆和刮板的配合使用，能够能够在搅拌的同时防止微珠堵塞滤网，通过电磁块、磁块、阻隔块和环形槽的配合使用，能够防止细胞流体提前进入到出料管内，保障细胞流体破壁的完成程度。