本发明提出一种基于傅里叶域自适应的医疗影像预处理方法和装置，其中，方法包括：获取源域影像数据集和目标域影像数据集；基于目标域影像数据集和DBSCAN聚类算法生成目标数据集；设置光谱邻域交换参数；利用光谱邻域交换参数获取完成傅里叶变换的源域影像数据集和目标数据集的振幅图中的低频部分，将源域影像数据集的振幅图中的低频部分替换为目标数据集的振幅图中的低频部分，对替换后的源域影像数据集的振幅图和相位图进行傅里叶逆变换得到重建影像数据集；利用重建影像数据集与目标数据集的特征距离筛选出目标重建影像数据集。根据本发明的方法解决现有技术中医疗影像的域自适应问题。