本发明为地域性人源病原菌多肽质量参考谱库的建立方法。地域性人源病原菌多肽质量参考谱库的建立方法，包括以下步骤：(1)收集本地常见的人源病原菌；(2)采集所述的人源病原菌进行蛋白质指纹图谱；(3)分析所述的人源病原菌蛋白质指纹图谱，并收集特征性图谱后，建立人源病原菌的地域性特征图谱数据库，即所述的人源病原菌多肽质量参考谱库。本发明所述的人源病原菌多肽质量参考谱库的建立方法，构建的金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和鲍曼不动杆菌的本地PMRSL数据库，符合质谱检测鉴定要求，可用于本地人源病原菌金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和鲍曼不动杆菌的鉴定，同时扩充原始参考数据库，提高数据库鉴定的准确率和完整度。