本发明公开了一种在水下航行器表面布置微结构进行减阻的方法，包括采用三维绘图软件绘制水下航行器模型，在水下航行器表面均匀布置沟槽状的减阻微结构，顺流向布置，使用仿真分析软件Ansys对表面光滑和表面布置有不同结构、不同数量组减阻微结构的水下航行器模型进行仿真分析，得到表面摩擦阻力值，根据表面摩擦阻力值计算出具有不同结构、不同数量组减阻微结构的水下航行器表面的减阻率，用最大减阻率对应的减阻微结构来设计实际应用中水下航行器表面结构。采用本发明方法能有效的减小水下航行器表面的运行阻力，最大化的降低水下航行器的能耗，节约能源。