本发明公开了一种农田系统中重金属健康风险评估方法及系统，该方法包括以下步骤：采集农田系统的样品；检测样品，得到农田系统中重金属的含量；根据重金属的含量解析农田系统中重金属来源，以及重金属来源对重金属的含量的贡献率；检测重金属的生物可给性；评估重金属对居民所产生的第一致癌风险和第一非致癌风险，以及重金属对第一致癌风险和第一非致癌风险的贡献率；评估重金属来源对居民所产生的第二致癌风险和第二非致癌风险，以及重金属来源对第二致癌风险和第二非致癌风险的贡献率。本发明解析农田系统中重金属来源，以及评估各重金属来源所产生的致癌风险及非致癌风险，更加准确真实地评估农田系统中重金属的健康风险。