本发明涉及临床医学技术领域，公开了菌群移植配型的排序方法、系统、计算机设备及存储介质。所述方法包括：建立配型训练集和菌群移植配型排序模型，使用所述配型训练集对所述菌群移植配型排序模型进行训练；建立供体数据搜索引擎，将训练好的所述菌群移植配型排序模型部署到所述供体数据搜索引擎的前端；将待配型受体数据输入所述供体数据搜索引擎，通过训练好的所述菌群移植配型排序模型，得到所述待配型受体数据与所述供体数据的匹配排序结果；所述供体数据搜索引擎将所述匹配排序结果作为所述待匹配受体数据的配型搜索结果进行输出。本发明能够对菌群移植时的受体和供体数据智能匹配，降低了配型计算复杂性，提高了计算效率和配型准确度。