本发明涉及肠道菌群移植技术领域，公开了一种肠道菌群移植的群组配型方法、系统、设备及存储介质，所述方法包括：获取肠道菌群的数据样本集；所述数据样本集包括待配型的受体和供体数据；对所述数据样本集进行聚类分析，得到若干菌群聚类簇；从每个菌群聚类簇内选择若干受体，并计算距离若干所述受体最近的供体，组成受体和供体的配型对。本发明无需标注训练数据，大大节约了成本，而且通过聚类方法能够得到形状不规则的聚类簇，不需要事先给定聚类簇数量，方便快捷，而且通过簇内计算，能够大大提高配型效率。