本发明公开了一种基于多组学和影像数据融合的癌症患者分类系统，该系统能完成端到端的多组学数据、影像数据的载入和预处理，利用外部知识数据库引入额外的特征信息对特定组学数据进行特征降维和信息聚集，通过计算癌症患者，即样本之间的相似度来补充额外的样本信息，最终通过一种多模态交叉融合方法实现多组学数据和影像数据分类结果的融合，并完成最终的分类结果输出，其包括以下功能模块：数据载入和预处理模块、多组学处理模块、图片处理模块、融合模块。本发明能有效地融合多组学和影像数据，可用于多种癌症患者的准确分类。