本发明实施例公开了一种地下结构抗震计算方法及系统，应用于地下结构抗震计算领域，包括：基于目标地下结构土层参数和预处理后的地震波进行自由场土层地震反应分析获取土层变形数据和土层剪应力数据；对土层变形数据和土层剪应力数据进行拟合生成修正数据；根据修正数据修正地震反应位移模型生成修正模型；根据修正模型计算目标地下结构的结构内力。本发明与传统反应位移法相比，本发明计算方法地震荷载的计算公式基于土层地震反应分析结果，计算结果精度高；与整体式反应位移法相比，本发明计算方法荷载公式计算简便，模型的建立与计算步骤相对简单，易于在工程实践中直接应用。