本发明涉及智能化胶囊式多区连续发酵系统的发酵方法，发酵系统包括环形轨道，沿环形轨道依次排布的上卸料区、一次发酵区、二次发酵区，以及料仓区，轨道上设有若干小车，小车上承载有胶囊式发酵罐。本发明通过小车、胶囊式发酵罐、上卸料区、一次发酵区、二次发酵区、以及料仓区的设置，将各个部分进行整合，形成环形的系统，提高各个部分之间的物流传递效率，便于统筹管理整个发酵系统；通过第一转轴、支撑杆的设置，便于实现载料盘在发酵罐内绕第一转轴进行转动，从而便于载料盘移动到舱门处进行上料和卸料；通过进气口和出气口的设置，便于实现发酵罐内空气的流动；通过弹簧的设置，进一步促进发酵后的物料流动到取料盘上。