本发明公开了一种高光谱遥感光谱特征吸收位置确定方法及系统，包括：获取高光谱遥感数据和矿物的特征谱带；根据矿物的特征谱带确定高光谱遥感数据的光谱段范围，得到原始光谱数据；对原始光谱数据进行去连续统，得到去连续统后的光谱数据；去连续统后的光谱曲线的最小值对应的波长位置为最低吸收位置；原始光谱数据的光谱曲线的最低反射率所对应的波长位置为最低反射率位置；根据计算最低吸收位置和最低反射率位置，确定光谱特征吸收位置。本发明克服了传统方法在光谱特征吸收位置确定中的不足，能够准确确定矿物类型以及成分信息，在批量化、业务化处理大量高光谱数据时优势明显。