本发明公开了一种基于MMC的柔性直流输电系统故障保护系统。本发明中，故障保护模块的内部设计了切断滤波电容接地点以切断故障电流通路的方法保护系统元件。虽然这种方法会提高系统绝缘水平，但是可以有效地阻断故障电流通路，维持系统安全可靠运行，同时交流系统单相接地故障保护模块和交流系统相间短路故障保护模块配合使用，当系统发生单极接地短路故障时，可以改变直流系统的运行方式，使其由双极运行改变为单极运行。通过利用单极运行方式，可以有效地维持系统运行，减少故障带来的部分损失，从而提高了该系统的保护性能，保障了输电系统的安全稳定。