本发明公开了一种共直流母线系统故障快速隔离方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、将共直流母线系统源、网、荷进行保护分区；S2、根据共直流母线系统结构，对各个区域发生故障后的保护动作进行划分；S3、根据各区域动作后交流侧是否带电，可以可靠区分交流保护区故障与其余保护区故障；S4、当发生单一区域动作，剩余两个区域不动作，按单一区域动作结果判定故障区域；S5、若其余保护区均动作，则按直流母线保护区故障判定；S6、根据各个区域是否配置熔丝，断路器，器件闭锁可以形成分区保护可靠性权重，比较各个区域的保护可靠性权重大小，根据权重大的区域判定故障区域；能够根据保护手段设定权重，从而判断故障区域。