本发明公开了一种追溯金属带材表面缺陷的缺陷标记装置及标记方法，标记装置包括缺陷标记控制系统和缺陷标记在线监控系统，缺陷标记控制系统包括控制MCU单元、多路缺陷高速输入模块、高速电磁阀驱动模块、焊缝信号输入模块、编码器信号输入模块、标记状态监控模块、双路以太网通讯模块；缺陷标记在线监控系统包括以太网通讯模块、缺陷输入实时监控模块、现场编码器输入监控模块、现场焊缝信号信息监控模块、标记参数配置模块、标记结果展示模块、标记结果查询模块。本发明通过双核主从控制结构提高了缺陷标记的数据处理能力，实现了缺陷标记控制系统和缺陷标记在线监控系统的插拔式组合，方便现场灵活部署，适应多种场景。