基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法

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摘要

本发明公开了基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法，包含以下步骤：BWA‑MEM算法代码重构；CPU上任务并发处理：完成序列集的划分，第一次形成多个并发任务；运行代码重构后的BWA‑MEM算法，完成GPU上数据并发处理；GPU上任务并发处理：对于序列数据对比过程中产生的种子集和链，将相同或相邻的长度、位置、数量的种子集划分为同一数据块，链做同样处理，由此完成种子集与链的划分，第二次形成多个并发任务。本发明通过设计任务并行+数据并行的方式，让BWA‑MEM算法的特征与GPU加速设备的特征紧密结合，充分利用GPU强大的并发运算能力，为序列比对算法提供优异的性能，对比高并发处理效率较高。

基本信息

专利标题：

基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法

专利标题（英）：

暂无

公开（公告）号：

CN114064551A

申请号：

CN202210046617.1

公开（公告）日：

2022-02-18

申请日：

2022-01-17

授权号：

CN114064551B

授权日：

2022-05-17

发明人：

张巍林超宁张崇

申请人：

广州嘉检医学检测有限公司

申请人地址：

广东省广州市黄埔区广州国际生物岛螺旋四路9号第二层C201单元

代理机构：

广州君策达知识产权代理事务所(普通合伙)

代理人：

陈宏升

优先权：

CN202210046617.1

主分类号：

G06F15/16

IPC分类号：

G06F15/16 G06F9/48