本发明涉及精密运动控制及异构加速领域，为对控制周期要求为50us及以上的精密运动控制提供一种用于精密运动控制的异构计算加速方法。可实现基于固定周期精密运动控制的异构计算加速。方法包括：控制器、异构计算板卡及被控对象等。控制器中包含控制算法模型和内核驱动模块。异构计算板卡包括计算核心、结果缓存、发送缓存、接收缓存、全局时钟。控制器与异构计算板卡通过PCIE总线互联，异构计算板卡与被控对象通过IO总线互联。基于本发明的异构计算加速方法，可以使系统的计算工作更加高效运行，系统实时性稳定性进一步提高。