本发明提供了一种实时定位的水下探测识别定位算法，包括：通过探测器获得采集数据，利用带通滤波器的滤波算法对采集数据进行滤波处理，得到滤波数据；建立统一的正交坐标系，找出滤波数据中三轴非正交和非平行带来的误差，得到探测数据；通过对自适应最小熵滤波的磁异目标的检测算法对探测数据进行处理，得到正常探测数据和异常探测数据；构建多个单轴和三轴传感器阵列，并采用欧拉反褶积方法处理正常探测数据，得到识别定位数据；结合识别定位数据，仔细表征、描述磁目标信号特征，实现对磁偶极子源的定位。本发明提高了信噪比，减小了传感器三轴非正交和非平行带来的误差，以及环境噪声、地磁影响和偶然误差带来的干扰。