本发明公开了一种复杂地质的挖坑除杂设备以及除杂方法，包括支撑平台、应力削弱模块和淤泥除杂模块，应力削弱模块包括往复转动机构和敲打机构，淤泥除杂模块包括防护装置和淤泥推动机构，所述防护装置安装在挖坑钻杆外侧，防护装置用于罩住挖坑钻杆钻出的淤泥，淤泥推动机构用于推动钻出的淤泥排出，所述淤泥输送设备外侧连通有倾斜设置的淤泥出料管；本发明所述的一种复杂地质的挖坑除杂设备以及除杂方法，通过设有的防护装置、淤泥推动机构、淤泥输送设备和淤泥出料管协同配合可以将挖出的淤泥进行抽取工作，并通过淤泥输送设备将淤泥通过淤泥出料管排至远离种植坑一侧，避免其挤压种植坑四周的淤泥而导致种植坑坍塌或者淤泥回填。